1. 签订协议，明确双方的权利和义务； 2. 开立保证金账户（专户储存），并通知对方； 3. 按合同规定的支付日期和支付方式支付款项 4. 如果发生违约行为，可以按照协议的约定进行处理。对确实给另一方造成损失的，需要承担相应的赔偿责任。
案例：A公司向B公司采购原材料，A公司预付了50%的货款，即60万元，并且收到了B公司开具的收款凭证和发票。后来由于B公司单方面涨价和短缺货物，违反合约，因此A公司要求B公司返还预付款以及支付逾期利息，并提供了银行转账记录、汇款凭证、收据等证据。法院判决B公司返还预付款并支付逾期利息。 所以如果企业不按照合同来执行，而是先付款再交易的情况，那么风险就会很大。 为了防止这种情况的发生，首先在合作协议中要对预付款的交易流程进行明确约定；其次要在实际交易过程中保留好相应的证据，如双方往来的邮件、协商的过程记录、双方签字盖章的合同等。 最后，要注意的是，如果在合作的过程中出现了纠纷，要及时使用合法手段维护自己的权益，防止损失扩大。
蒙晓炜优质答主加强企业预付款管理的建议：
（1）建立严格的预付款的审批制度。在预付款之前一定要按照企业的审批制度，层层把关，这样可以很大程度的预防不合理的预付。审批制度一般应规定超过一年以上不得预付，付款人必须是与合同一致的人，付款金额必须要经过严格核算，超过合同进度的一定不能支付。
（2）建立预付款的追踪核查制度，加强对预付款的管理。在支付之后，采购部门应该积极督促供应商尽快履行合同，向企业移交订购的物资或提供劳务。同时，应定期向财会部门汇报预付款的使用情况，一旦发现供应商没有履行合同要及时处理，向企业汇报要求尽快追回，或与对方商谈变更原先约定的条款。财会部门也应该和采购部门一起追查预付账款情况，一定要把资金追回来，减少企业损失。
（3）建立预付款的惩罚制度。预付款项往往超过合理的时间还没有收回，而企业预付款没有及时追回的话，往往对企业的资金产生严重的不利影响。因此，一定要建立严厉的惩罚制度，降低此类行为的发生，促进员工尽快追回预付账款。
（4）加快预算管理信息化建设。要加快企业预算管理信息化建设，使预算与资金、销售、采购、存货等系统结合，实现管理系统的集成化、精细化。为实现对合同履行监控，资金系统中应控制预付款只能向合同中约定的账户付款，且该笔预付款应在销货方履行合同后自动冲减供应商额度，降低付款风险。
